Bonsai, Çinli ustalar tarafında Pun-Sai ve Pun-ching olarak iki bölüme ayrılmıştır. . Pen-jing ise bu iki bölümü birden tanımlar. 

Pun-Sai:  Bir kap içine dikilen, peyzaj çalışması yapılmamış ağaç anlamına gelir.

Pun-Ching: Kap ya da tepsi içine dikilen ve yeşillendirilmiş, çevre düzenlemesi yapılmış ağaç anlamına gelir.

MÖ 206 – MS 220 arasında, Çin peyzaj sanatçıları o zamanlardaki ünlü yapay kayalık bahçelerin minyatürlerini tasarlamaya başlamışlardı. Efsaneye göre Doğu Çin Hanedanlığı zamanında yaşayan büyük sihirbaz Fei Jiang-feng’in, dağları, nehirleri, kuşları, hayvanları, insanları, binaları, ağaçları bir kaba sığdıracak küçültme gücüyle donatıldığına inanılmaktaydı. Hemen hemen Pun-ching’in ortaya çıktığı aynı zamanlarda, pun-sai ile ilgili ilk bilgilere rastlamaktayız (MÖ 221-206). Ünlü şair ve üst rütbeli bir resmi yetkili olan Ton guen-ming, devlet işlerinden yorulup emekli olmuş ve yeni huzurlu yerinde saksılar içinde kasımpatı/krizantem yetiştirmeye başlamış. Bu, saksıların içine dikilen bitkilerin başlangıcı olup, minyatür ağaçlara yol gösterici bir gelişme niteliğindedir. 200 yıl sonra, T’ang zamanında yapılan resimlerden, bonsai saksıları içinde yetiştirilmiş çamlara, servilere, erik ağaçlarına ve bambulara rastlamaktayız. MS 1000 yılından sonra bile, Sung Hanedanlığında, pun-sai biçimlendirilmesine ilişkin zengin edebi şiirler bulunmaktadır.

Ch’ing hanedanlığı olarak bilinen barış döneminde ( MS 1644-1911), hem pun-sai hem de pun-ching sadece aristokratlar arasında değil, Çin toplumunun tüm sınıflarında bir hobi haline geldi. Batı dünyasına, önce Paris’te yapılan 1878 Dünya Fuarında, daha sonra 1909 yılındaki Londra Fuarında bonsai sanatını tanıtanlar Çinliler değil Japonlardı. Budist rahiplerin, 10. ve 11. yüzyıllarda bonsai’yi Japonya’ya dini inanışları nedeniyle taşıdıklarına inanılmaktadır. İnanışlarına göre “cennete götüren yeşillikli merdiven” olan bonsai, Tanrı ile insanlar arasındaki köprüdür.

Yuan hanedanlığı sırasında (MS 1280-1368), Japon hükümet bakanları ve tüccarları eve dönüşlerinde hediye olarak Çin’den bonsai getirdiler. 1644 yıllarında Çinli bir resmi görevli olan Chu Shun-sui, yanına tüm bonsai koleksiyonunu da alarak Manchu hükümdarlığından Japonya’ya kaçmıştır. Japonya’da bonsai sanatının yayılmasının en büyük nedenlerinden biri koleksiyonundaki paha biçilmez eserleri ve bilgisini japon kültürüyle paylaşmasıdır. İşte tam bu zamanlarda Japonya, başta Japon aristokrasisini, Samurai’yi, bozulmaktan koruyan ve ancak geçen yüzyılın sonunda herkes için hobi haline gelen kendi bonsai yetiştirme sanatını oluşturmaya başlamıştır.